インストールログ

bioperl 1.5

バイオインフォマティクス用 perl モジュール。

配布サイト：http://bioperl.org/
ダウンロードページ：http://bioperl.org/Core/Latest/
ソースファイル：http://bioperl.org/DIST/bioperl-1.5.0.tar.gz / （bioperl-1.5.0.tar.gz のコピー）

bioperl 1.4 であれば BioLinux サイトで配布されている rpm パッケージ（Red Hat 9 と Fedora Core 1 用）を利用するのが便利。
多分、bioperl 1.5 もそのうち rpm パッケージ化して配布してくれると思われる。

配布サイト：http://www.biolinux.org/
ダウンロードページ：http://www.biolinux.org/bioperl.html
バイナリパッケージ：http://www.biolinux.org/soft/RH9/perl-Bioperl-1.4-4.i386.rpm / （perl-Bioperl-1.4-4.i386.rpm のコピー）
ソースパッケージ：http://www.biolinux.org/soft/RH9/perl-Bioperl-1.4-4.src.rpm / （perl-Bioperl-1.4-4.src.rpm のコピー）

BioLinux の rpm パッケージを利用するのであれば、先に PGP キーをインポートしておく。

% sudo rpm --import http://www.biolinux.org/soft/luc.biolinux.gpg.asc

そしてバイナリパッケージをインストールして完了。

% sudo rpm -Uvh perl-Bioperl-1.4-4.i386.rpm

もしもエラーが発生した場合、不足しているパッケージがあれば インストールして (apt-get install)、 コンフクリトするパッケージがあれば アンインストールして (rpm -e)、 再度 bioperl のインストールを試みる。

% rpm -ivh perl-Bioperl-1.4-4.src.rpm

次に bioperl-rh9.spec を一部改変。

%define bioperl   bioperl-1.5.0
#Patch15:   bioperl.patch
Version:   1.5
Release:   0pre1
%description
 * bioperl         1.5
#%patch15 -p1
cd %{_builddir}/%{bioperl}
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 %{__perl} Makefile.PL PREFIX=$RPM_BUILD_ROOT/usr INSTALLDIRS=vendor
%doc t
/usr/bin/*
/usr/lib/libgd.so.2.0.0
/usr/lib/libgd.so.2
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.0/*
/usr/share/man/man3/GD.3pm.gz

そして bioperl 1.5 のソースファイルをコピー。

% cp bioperl-1.5.0.tar.gz ~/rpm/SOURCES/

あとはビルドするだけ。

% rpmbuild -ba bioperl-rh9.spec

作成したバイナリ rpm ファイルをインストールして完了。

% rpm -Uvh bioperl-1.5.0-0pre1.i386.rpm

一応、rpm パッケージは以下からダウンロード可能だが無保証。

bioperl 1.0 (obsoleted)

バイオインフォマティクス用 perl モジュール。 使いこなせていないが一応インストール。

bioperl が必要とするモジュールを先に入れておく。 環境によっては以下では不足のことも。

% sudo perl -MCPAN -e install Bundle::BioPerl
% sudo perl -MCPAN -e install GD
% sudo perl -MCPAN -e install Ace

% tar xzvf bioperl-1.0.tar.gz
% cd bioperl-1.0
% perl Makfile.PL # ここで必要とするモジュールがない場合、警告が出る
% make
% make test
% sudo make install

rpm化してインストールするときは、以下の通り。 ただし自分でspecファイルの中身を確認のこと。

% rpm --ba --target noarch bioperl.spec # バイナリコードを含まないので i386 の必要なし
% rpm -Uvh bioperl-1.0-1.noarch.rpm

一応、RPMパッケージは以下からダウンロード可能だが無保証。

バイナリパッケージ(?)なら、

% rpm -Uvh bioperl-1.0-1.noarch.rpm

でインストール完了。ソースパッケージから rebuild する場合は以下の通り。

% rpm --rebuild --target noarch bioperl-1.0-1.src.rpm
% rpm -Uvh bioperl-1.0-1.noarch.rpm

Life Science Dictionary (LSD) Version 4

生命科学関連のかな漢字辞書。これがないと文章が書けない。 LSD4の配布ファイルはVJEテキスト形式なのでcanna形式に変換して使用。

% ls
lsd4texts.zip vje2canna.pl
% unzip lsd4texts.zip
% cd Lsd4texts
% nkf --unix < Lsd4-KanaKanji.txt | perl ../vje2canna.pl > lsd4.ctd
% mkbindic lsd4.ctd
% su
# install -o bin -g bin -m 664 lsd4.c{b,l}d /var/lib/canna/dic/canna
% vi /var/lib/canna/dic/canna/dics.dir
lsd4.cbd(lsd4.mwd)      -lsd---
lsd4.cld(lsd4.mwd)      -lsd---
# /etc/init.d/canna condrestart
# exit
%% cp /etc/skel/.canna ~
% vi ~/.canna
(use-dictionary
 "lsd"
 )
% mkdic -fq lsd
%% cp /usr/share/emacs/site-lisp/egg/eggrc ~/.eggrc
% vi ~/.eggrc
(canna-add-dict "lsd" nil)

接頭語と接尾語は自立語辞書では機能しないそうなので、名詞として扱うことにした。